A Incubadora Sul Capixaba é uma incubadora de empresas vinculada simultaneamente a Incubadora do Ifes e ao IncubaUFES, tendo sido inaugurada em novembro de 2018, após a captação do recurso do Edital n° 06/2018 da FAPES. A proposta do projeto foi a parceria entre os campi de Alegre da Universidade Federal do Espírito Santo (composta pelo Centro de Ciências Agrárias e Engenharias - CCAE e pelo Centro de Ciências Exatas, Naturais e da Saúde - CCENS) e do Instituto Federal do Espírito Santo, visando auxiliar no desenvolvimento do Parque Tecnológico do Caparaó.

A Incubadora Sul Capixaba está direcionada a apoiar e incubar empreendimentos e empresas, de forma residente e não-residente, propiciando ambiente e condições adequadas para o funcionamento e o desenvolvimento de negócios inovadores no Sul do Estado do Espírito Santo, nas seguintes áreas de atuação: Agroecologia, Automação, Agronegócio, Agroindústria, Engenharias, Biotecnologia, Rochas e Materiais, Floresta e Madeira, Empreendedorismo, Cooperativismo, Tecnologia da Informação e Comunicação.

O Conselho Deliberativo da Incubadora Sul Capixaba é formado por membros da UFES e do Ifes, com representantes docentes, técnicos administrativos e discentes, além de representantes das empresas incubadas e das instituições ou organizações que tenham constituído parceria com a Incubadora. Além disso, a Incubadora Sul Capixaba também conta com a participação de servidores do Ifes e da UFES na orientação dos projetos incubados e de bolsistas que auxiliam nas atividades administrativas.